Tarixi Borçalı mahalı dünyanın ən qədim insan məskənlərindən biridir. Hələ XX əsrin 30 - cu illərində Ceyrançöldə Udabno kəndindən tapılmış primat qalıqları bölgənin antropogenez zonasına daxil olduğunu sübut edir. Dünya alimlərinin diqqətini cəlb edən ən mühüm tapıntı isə 1999-cu ildə Dmanisi (1947 - ci ilədək Başkeçid) rayonu ərazisində Xram çayı sahilindəki mağaradan aşkar edilmişdir. Arxeoloqlar buradan 1 milyon 800 min il bundan əvvəl yaşamış homonid qalıqları tapmışlar.
Borçalı ərazisindən dünya arxeologiya elmində qəbul edilmiş bütün dövrləşmələrə aid abidələr aşkar edilmişdir. Yazılı qaynaqlar burada məskunlaşmış ən qədim etnos kimi buntürklərin adı çəkilir : «İsgəndər şah Lot övladlarının törəmələrini sıxışdırıb yarımqaranlıq ölkəyə qovarkən … Kür vadisi boyunca dörd şəhərdə : Sarkine, Urbnisi, Kaspi, Odzrxedə yaşayan döyüşkən buntürk tayfaları ilə üzləşdi. Bu zaman xaldeylər tərəfindən köçürülmüş cəsur hunlar gəldi. Onlar buntürk hökmdarından yaşamağa yer istədilər və Zanavada yurd saldılar». Salnamənin naşiri Takayşvili, buntürkləri «ümumiyyətlə turanlılar» adlandırır. Salnaməçinin yazdığına görə « əvvəlcə Msxeta ətrafında yerləşən türklər onu çətin alınacaq istehkama çevirərək adını Sarkine qoydular» . Təəsüf ki, yuxarıdakı qaynaqların məlumatları hələ də şübhə altına alınır, qaynağın müəllifi Leonti Mroveli «anoxronizmdə» ittiham edilir və türklərin bu ərazidə XVI əsrdən gec olmayaraq yaşadıqları iddia olunur.
Msxetadakı «Samtavro qəbristanlığı»nından aşkar edilən kəllələri tədqiq edən gürcü antropoloqu M.Q.Abduşelişvili erkən tunc dövründən I minilliyin ortalarına qədər bölgə əhalisinin dolixokran olduğunu, yəni Kaspi tipinə mənsub olduğunu qeyd edir.Rus - sovet antropoloqu V.P.Alekseev isə burada dəfn olunanların əsilzadələr və döyüşçülər olduqlarını yazır. Gürcü arxeoloqu Ş.A. Mesxia bilavasitə buntürklərə aid etməsə də m.ö. IV əsrdə indiki Gürcüstan Respublikasının cənub - şərqində, yəni Borçalı ərazisində yuxarıda adı çəkilən şəhərlərin olmasını təsdiq edir. Qazıntılar zamanı arxeoloqlar bu şəhərlərin ərazilərindən m.ö. I minilliyin ortalarına aid edilən tikili qalıqları tapmışlar. Salnamədə adı çəkilən digər şəhərlərə , o cümlədən Msxetaya gəldikdə isə Mesxia onun daha sonra, yəni «gürcü tayfalarının Arian - Kartlidən köçüb gəldikdən sonra yarandığını» güman edir.
Borçalı ərazisindəki ikinci türk etnik plastı bulqarlarla bağlıdır. Gürcü tarixçisi Z.V.Ançabadze hətta buntürklərin özlərini «qara bulqarlar» hesab edir. Bulqarların Borçalı ərazisinə gəlişi barədə Moisey Xorenli belə bir məlumat verir :« Vaharşakın oğlu Arşakın vaxtında Böyük qafqaz dağı boyu Bulqar torpağında böyük iğtişaşlar oldu və onların çoxu ayrılaraq Koxanın cənubundakı məhsuldar torpaqlarda yerləşdilər». Bu məlumat da arxeoloji qazıntılarla təsdiq olunur. Belə ki, Dunay bulqarlarının xaqanı Asparuxdan 700 il əvvəl Cənubi Gürcüstanda onunla "adaş” olan «pitiaxş Asparux»un adı həkk edilmiş metal lövhə tapılmışdır. Onu da deyək ki, İç Oğuzdan Trabzona gedən yolda (Borçalı) Dədə Qorqud boylarından birinin qəhrəmanı Qazılıq Qoca oğlu Yeynək də «altı başlı bolqar bir ər » görür. Alban tarixçisi Musa Kalankatlı da II - IV əsrlərdə Cənubi Qafqaza bulqar tayfalarından birinin - barsillərin arasıkəsilməz hücumlarından xəbər verir. Müxtəlif mənbələrdə bu tayfanın adı da fərqli şəkillərdə verilir : barselt, barsil, borşalu və s. Orta əsr ərəb müəllifi Yaqut Həməvi isə yazırdı : «Borşalı Arranda yer adıdır». Digər ərəb müəllifi Qardizi isə buranı Börüçölü adı ilə tanıyır. Bu isə Borçalı termininin həm toponim, həm də etnonim mənasında işlənildiyini göstərir. Borçalılılar erkən orta əsrlərdə Cənubi Qafqazda böyük siyasi rol oynamışdır. Yoxsa «Trdatın atası Xosrovun dövründə parfiyalılar qüdrətli barsillərlə dostluq» etməzdilər.
VII əsrdə Borçalı ərazisinə daha bir türk tayfası - göytürklər gəlmişlər. «628 - ci ildə 2 aylıq mühasirədən sonra türkütlər Tiflisi tutaraq, şəhər hakimini ələ keçirdilər. Göytürk xaqanını təhqir etdiyi üçün onun dərisini soyub saman təpdilər və qala divarının üstündən asdılar». « Göytürklər yeni qüdrətli türk xalqının xəzərlərin digər qohum tayfalarla birləşməsinə şərait yaratdılar. Xəzərlərdən başqa bu ittifaqa Suvar və Barsil tayfaları da daxil oldu». Gürcüstan - Xəzər münasibətlərinə gəldikdə isə D.Baqrationi bu barədə yazırdı : «Gürcüstan və ona qonşu ölkələr, mənşələri barədə Degin (Fransa şərqşünası) tərəfindən bəhs edilən xəzərlər tərəfindən tutuldu. Onlar şimaldan, Hetariyadan Dərbəndi keçərək gəlmişdilər». 552 - ci ildə Xəzər xaqanının qızı ilə evlənən Sasani şahənşahı I Xosrov Ənuşirvan 1 il sonra 3 min türkü Dmanisi ərazisinə köçürməyə razılıq verdi. Türk tayfalarının Borçalı ərazisində məskunlaşması Cənubi Qafqazın Ərəb xilafətinin tərkibində olduğu ilərdə də davam edirdi. « 853 - cü ildə xilafət sərkərdəsi Buğa Türk öz orduları ilə vilayətdən vilayətə keçərək, Dərbənd qapılarını açdı və həm Dmanisiyə,həm də Şəmkirə 3 min türk ailəsi köçürdü». 
Səlcuqluların Cənubi Qafqaza gəlişi ilə Cənubi Qafqazda , o cümlədən Borçalıda da İslam - Türk amilinin qəti şəkildə qələbəsinə gətirib çıxartdı. 1118 - ci ildə Səlcuqlulara qarşı mübarizə aparmaq məqsədilə Abxaz - Kartvel hökmdarı David Baqrationi (Aqmaşanebeli ) 40 min qıpçaq türkünü Borçalı və ona bitişik bölgələrə yerləşdirdi . 1121 - ci ildə bu qıpçaqların köməyilə Didqori döyüşündə Səlcuqlu ordusu üzərində qələbə qazana IV David Tiflis müsəlman əmirliyini ləğv etdi, Dmanisi və Ani müsəlman əmirliklərinin ərazisini işğal etdi. Bununla belə yerli əhalinin dini və etnik tərkibini nəzərə alan Baqratilər sülaləsindən olan gürcü hakimləri kəsdirdikləri pullarda Məhəmməd peyğəmbərin adını zərb etdirir, onların rəğbətini qazanmaq məqsədilə Cümə namazlarına gələrək xütbələrə qulaq asırdılar. Tiflisdə isə ümumiyyətlə donuz saxlamaq qadağan edilmişdi. IV David tərəfindən Tiflisə köçürülmüş xristian əhalisinin bir qismi 1226 - cı ildə Xarəzmşah Cəlaləddin tərəfindən qovuldu, qalanları isə İslamı qəbul etdi.
XIII əsrin 20 - ci illərindən başlayan monqol hücumları 60 - cı illərdə bütün Cənubi Qafqazın , o cümlədən Borçalının da Elxanilər dövlətinin tərkibinə qatılması ilə nəticələndi. Başqa monqol ulusu olan Qızıl Orda ilə Cənubi Qafqaz uğrunda mübarizə aparan Elxanilər , Qızıl Ordada hakimiyyətdə olan Bərkə xanın yanından qaçıb gələn monqol feodallarını Dmanisidə yerləşdirdilər.
XIV əsrin sonlarında Cənubi Qafqaza gələn Əmir Teymur 1386 - cı ildə Borçalıdakı Yağlıca düzənliyində ordugah quraraq , Tiflisdən şimalda yaşayan qıpçaq ellərini özünə tabe etdi.
XV əsrin 20 - ci illərindən Azərbaycan Qaraqoyunlu dövlətinin tərkibinə qatılan Borçalı, bu dövləti əvəz edən Ağqoyunluların xüsusi diqqət yetirdikləri bir bölgə idi. Ağqoyunlu Həsən Padşah və onun oğlu sultan Yaqubun dövründə mühüm strateji məntəqə olan Ağcaqala daha da möhkəmləndirildi.
XVI əsrin I rübündən başlayaraq Osmanlı - Səfəvi müharibələrinin gedişində dəfələrlə əldən - ələ keçən Borçalı əsasən Səfəvilərin nüfuz dairəsində olmuşdur.
Borçalının həyatında ən mürəkkəb dövr XVIII əsr hesab olunur. Azərbaycanda mərkəzi hakimiyyətin zəifləməsi, feodal pərakəndəliyinin hökm sürməsi Borçalı elatlarının tez - tez yerdəyişməsinə səbəb olmuşdur.
XIX əsrin əvvəllərindən Rusiya ağalığının bərqərar olması Borçalı , ümumiyyətlə Cənubi Qafqazın müsəlman əhalisi üçün əsl faciə oldu. Bölgənin zorla Osmanlı və Qacarlı torpaqlarına sürgün edilən müsəlman əhalisinin (Qarapapaqlar, Ulaşlı və s.) yerinə ermənilər, aysorular və urum yunanları yerləşdirildi ki, bu da Borçalının etnik tərkibini dəyişdirdi.
XX əsrin əvvəllərində Rusiya tərəfindən qızışdırılan ermənilərin Borçalıda müsəlmanların axırına çıxmaq arzusu gözlərində qaldı. Təkcə Başkeçiddə 400 atlıdan ibarət müsəlman hərbi birləşməsi erməni quldurlarının əl - ayaq açmalarına aman vermədi. Rusiyada Romanovlar sülaləsinin devrilməsindən sonra Qafqazda milli - azadlıq mübarizəsi daha da gücləndi. 1918 - ci ilin mayında Cənubi Qafqazda müstəqil dövlətlər quruldu. Borçalı ziyalıları Osmanlının himayəsi altında «Qarapapaq» dövləti qurmaq qərarına gəldilər. Borçalı ilə bağlı Azərbaycan Gürcüstan danışıqlarının getdiyi bir dövrdə başı daim yad qoltuqlarda olan erməni siyasətbazları Borçalını qanlı müharibə meydanına çevirdilər. 17 dekabr 1918 - ci ildə Borçalı üstündə başlayan erməni - gürcü müharibəsi mahlalın iki yerə bölünməsi ilə nəticələndi. Bu bölgü Cənubi Qafqazda Sovet rejimi bərqərar olduqdan sonra rəsmiləşdirildi. Borçalının 2575 kvadrat kilometr ərazisi Ermənistan Respublikasına «hədiyyə edildi».
Hazırda Ermənistana verilmiş Borçalı torpaqlarında bir nəfər də olsun borçalılı qalmamışdır. Gürcüstanın tərkibindəki Borçalı torpaqlarına isə Svanetiya köçkünlərinin yerləşdirilməsi və Qamsaxurdiya rejiminin anti - türk siyasəti nəticəsində bölgənin etnik tərkibi xeyli dəyişdirildi.